يشمل البلعوم البلعوم الأنفي، والبلعوم الفموي، والحنجرة البلعومية. الأغشية المخاطية للثلاثة متواصلة وتنتمي إلى الجهاز التنفسي العلوي. مسحات من البلعوم الأنفي ومسحات من البلعوم لديها فقط مسارات أخذ العينات المختلفة. أخذ العينات عن طريق الفم هو البلعوممسحة، أخذ العينات الأنفية هو البلعوم الأنفيمسحة.ومع ذلك، لأن الفم والبلعوممسحةيمكن إجراء العملية عن طريق فتح الفم، وهي بسيطة نسبيًا، لذا فهي أكثر شيوعًا سريريًا، ولكن خطر التعرض لأخذ العينات أعلى.
يمكن لاختبار الحمض النووي للالتهاب الرئوي التاجي الجديد أخذ مسحات البلعوم الأنفي للمريض والبلغم وغيرها من إفرازات الجهاز التنفسي السفلي والدم والبراز وعينات أخرى للاختبار. بالنسبة للحمض النووي لفيروس كورونا الجديد، إذا كان الحمض النووي للعينة إيجابيًا، فيمكن تأكيد الإصابة بالفيروس. وتؤثر عدوى فيروس كورونا الجديد بشكل رئيسي على الخلايا الظهارية القصبية والخلايا الظهارية السنخية. وينبغي استخدام عينات الجهاز التنفسي السفلي، مثل البلغم ومستخلصات مجرى الهواء، قدر الإمكان لتعكس الإصابة بالفيروس بشكل أكثر دقة.